漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一 配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南 配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希 配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣...

有一天，黑色的船从天而降围绕“穿越时空的力量”传说中的神秘宝藏“时辰仪”，在京都展开的“苏沙诺乌事变”以面具将军“无限斋”吉田松阴的死而告终。...

　将肉体与“齿轮技术”融合的究极格斗技——“MEGALO BOX”，将自己的全部赌在上面的男人们的热血战斗开始！ 　　今天也立于未认可地区的赌博比赛赛场上的MEGALO拳击手“Junk Dog”。虽然具备实力，却只有靠比赛造假赚钱这一条生存之道，他为自己的“现在”感到心焦。 　　但，他与孤高的冠军·勇利相遇，作为MEGALO拳击手，作为男人，向自己的“现在”发起挑战——...

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