故事发生在绿山墙农庄之中，马修和玛丽拉是一对相依为命的兄妹，同时也是农场的主人。随着年岁的增长，每日繁重的农活渐渐令两人力不从心，于是他们决定从孤儿院领养一个男孩来作为他们的继承人。 　　然而，孤儿院却在阴差阳错之下将一个名为安妮（小山茉美 配音）的女孩送到了农场，这个女孩有着满脸的雀斑和一头耀眼的红发，非常的夺人眼球。马修是一个沉默寡言的男人，当性格开朗活泼的小安妮走进他的生活后，他渐渐的被快乐...

20世紀から約1000年後の未来、外宇宙へと進出した地球人は、謎の異星人イルミダス星人との戦いに敗れ、難民化した地球人は絶望し、イルミダス占領下の地球へ失意の帰還をしていた そんな屈辱の中、難民達を地球へと送り届けていた若き日のハーロックの大山トチローとエメラルダスとの運命の出会い、そしてハーロックが愛した生涯ただ一人の女性マーヤへの愛と別れを描く。ハーロック一族の先祖ファントム・F・ハーロックの...