故事的地点发生在这个整年都会不可思议地开着樱花而出名的新月型岛--初音岛。 　　梦幻的初音岛上发生了不可思议的现象，本不会枯萎的樱花在一夜之间突然枯萎了。两年之后，樱花再度在初音岛上绽放。主人公朝仓纯一进入风见学园，继续过着校园生活。他的口头禅“好困”消失了，变成了勤勉努力，热衷体育的开朗青年。此时，他的两个妹妹，两年前离去的朝仓音梦.....

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一次突发事故，动画制作动画制作(9张) 二觭人露西杀死警卫，逃出了研究所，并丧失了记忆，后被主角耕太和其表妹由香所收养研究所方面害怕露西的能力会危害到人类的安全，先后派出特种部队和其他的二觭人进行抓捕，一场抓捕与反抓捕的“游戏”由此展开，同时露西和耕太之间的关系也渐露端倪……...