西元1999年，一顆不明的巨大「流星」墜落在地球上。之後調查證實這其實是一艘外星人的宇宙船，之後世界的某些強國為了將其修復並彌補墜落時對地球環境所造成的破壞（還得掩蓋掉這個外星船墜落的事實），而組成了統合政府。並由地球統合軍將其改造成為全長1200公尺的超大型主力戰艦，命名為「馬克羅斯」（MACROSS，德文「大宇宙」之意）。其間人類卻也歷經統合派與反統合派國家陣營的分裂，在綿延的爭戰中馬克羅斯的...

一架隶属于美国的运输机坠落到东京湾，恐怖的经历就此展开..数日后，接连发生的机械人被袭击案件导致数名驾驶员的死亡，刑事久住武史和助手泰真一郎开始调查此案。在调查过程中，心不在焉的一郎认识了岬冴子，对她产生了爱慕。袭击事件仍旧继续发生着，不仅是机械人，连普通人也有数人死于非命，而且在东京湾内，渔民发现了巨大的不明物体。在得知巴比伦基地发生怪异事件后，两位刑事赶到基地，却被一只巨大的怪物追击而险些丧命...